ان القسم كان سابقاً مديرية باسم (مديرية المباني العامة) والتي كانت تضم اقسام متعددة منها القسم القانوني وقسم الحسابات وقسم التنفيذ وقسم الصيانة وقسم المتابعة وقسم التصاميم وقسم المشاريع فضلاً عن باقي الاقسام الادارية حيث جرى تقليص الدائرة في عام 1982 ونقل معظم منتسبيها الى دوائر اخرى خارج الجامعة. وكان الهدف من ذلك تكليف دوائر وزارة الاسكان بتنفيذ مشاريع الجامعة ويقوم مكتب الاستشارات الهندسية بدوره بأعمال اعداد التصاميم الهندسية. ولكن هذا الهدف لم يتم تنفيذه حيث تم هيكلتها كشعبة بالشعبة الهندسية تقوم بأعمال بسيطة. واستمر عمل الشعبة بنفس مهامها السابقة من خلال تكثيف جهود منتسبيها فضلاً عن مطالبة مكتب الاستشارات الهندسية اجوراً عن الاعمال التي يكلف بها والتي لم تدرج ضمن المنهاج الاستثماري الامر الذي دفع بالجامعة الى رفد الشعبة الهندسية في حينها بملاكات اضافية بتخصصات مختلفة للقيام بالاعمال المكلفة بها. ومن ثم اصبحت الشعبة بعد ذلك بمستوى قسم سمي قسم الشؤون الهندسية ويرتبط برئيس الجامعة. واستمر بكافة الاعمال المكلف بها التي تتطلبها الكليات والمراكز والمعاهد واقسام الجامعة الاخرى الى ان تم أعداد هيكلية خاصة به ليقسم الى شعب ووحدات رغم ان طبيعة وحجم الاعمال المكلف بها حالياً أكبر من واجبات وصلاحيات قسم وتم رفع مقترح الى الوزارة بإعادة هيكليته ليصبح مديرية.
وفي الوقت الحالي تم تسمية القسم بقسم الاعمار والمشاريع (قسم الشؤون الهندسية سابقاً) واعداد هيكلية تنظيمية وادارية خاصة به ويرتبط بالسيد رئيس الجامعة وحسب توجيهات وزارة التعليم العالي والبحث العلمي الاخيرة.